Talks 口頭発表

2022

• DIST.37「マークアップな夜」 「画像表示の高速化テクニック」 (2022/10/28) [イベント詳細ページ]

2019

• 第67回質量分析総合討論会 「プロテオームおよび糖鎖関連の質量分析データリポジトリの開発」 (2019/5/17)
• NDS FM（ポッドキャスト） 「#016. NDS#59振り返り、アカデミアでのIT事情について」 (2019/4/27) [NDS FM 番組ページ]
• NDS第59回勉強会 「医療画像で機械学習したい人たちがやっていること」 (2019/3/2)

2018

• NDS第57回勉強会 「はじめてのOSSライブラリ開発記」 (2018/9/29) [Slide]
• 第2回・質量分析インフォマティクス・ハッカソン・シンポジウム 「リポジトリサービスの開発とデータ転送」 (2018/7/15) [Movie]
• 質量分析インフォマティクス研究会・第3回ワークショップ 「糖タンパク質データリポジトリ「GlycoPOST」の開発」 (2018/4/23)
• NDS第55回勉強会 「Amazon Neptuneに入門してみる」 (2018/3/17) [Slide]

2017

• NDS第52回勉強会 「今日から使えるCSSパターン」 (2017/6/17) [Slide]
• NDS第51回勉強会 「グラフ構造データを扱うはなし：グラフデータベース、RDF、可視化など」 (2017/3/25)

2016

• NDS第49回勉強会 「Content Security PolicyとWebサービスのセキュリティ対策」 (2016/9/10)

Publications 論文

• Histopathological characteristics and artificial intelligence for predicting tumor mutational burden-high colorectal cancer
  Shimada, Y., Okuda, S., Watanabe, Y. et al. J Gastroenterol 56, 547–559 (2021)
  DOI: 10.1007/s00535-021-01789-w / PMID: 33909150
• GlycoPOST realizes FAIR principles for glycomics mass spectrometry data
  Watanabe, Y. et al. Nucleic Acids Research 49, D1523-D1528 (2021)
  DOI: 10.1093/nar/gkaa1012 / PMID: 33174597
• 2019 annual report of the jPOST repository
  Watanabe, Y., Okuda, S. J. Proteome Data and Methods, 2:1 (2020)
  DOI: 10.14889/jpdm.2020.0001
• The GlyCosmos Portal: A Unified and Comprehensive Web Resource for the Glycosciences
  Yamada, I., Shiota, M., Shinmachi, D. et al. Nat Methods 17, 649–650 (2020)
  DOI: 10.1038/s41592-020-0879-8 / PMID: 32572234
• The human gut microbiome is structured to optimize molecular interaction networks
  Ling, Y. et al. Comput Struct Biotechnol J. 17, 1040-1046 (2019)
  DOI: 10.1016/j.csbj.2019.07.011 / PMID: 31452856
• The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database
  Moriya, Y. et al. Nucleic acids research 47, D1218-D1224 (2019)
  DOI: 10.1093/nar/gky899 / PMID: 30295851
• jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes
  Okuda, S. et al. Nucleic acids research 45, D1107-D1111 (2017)
  DOI: 10.1093/nar/gkw1080 / PMID: 27899654

Poster ポスター発表

2020

• トーゴーの日シンポジウム2020（オンライン） jPOSTリポジトリの機能強化 (2020/10/5) [ポスター]

2019

• HUPO2019, Adelaide Network analysis of proteogenomics data in lung cancer cell lines. (2019/9/17)

2017

• HUPO2017, Dublin jPOST provides a global public data repository for a wide variety of proteomics experiments. (2017/9/17)
• ISMB/ECCB2017, Plague Inference of microbial interactions from human gut meta genome data. (2017/7/24)

Others その他

2020

• Glycoforum (Web article) 複合糖質のデータベース（Databases for glycoconjugates） (2020/2/3) [日本語 / English]